Color Line ble etablert i 1990 med utgangspunkt i de to Kosmos-selskapene Jahre Line og Norway Line. Samme år overtok selskapet fergeaktivitetene i Fred. Olsen Lines. Dermed styrket Color Line sin strategiske posisjon og utvidet sin virksomhet betydelig.

Senere på 1990-tallet bidro konsernet ytterligere konsolidering av det norske cruisefergemarkedet med overtagelsen av virksomheten til Larvik Line (1996) og Scandi Line (1998). I september 1998 tok Color Line As også over Color Hotel Skagen AS.

I de senere årene har Color Line styrket sin markedsposisjon ytterligere, blant annet gjennom lanseringen av cruiseskipene M/S Color Fantasy og M/S Color Magic, et nyskapende skipskonsept som kombinerer cruiseskipets høye standard med konferansefasiliteter og frakt av personbilder og gods. SuperSpeed 1 og 2 er også et nytt konsept og tar deg til Danmark på under 4 timer.